Segundo o definido no documento do Regimento da Fábrica de Software, a estrutura organizacional definida para a Fábrica é como se segue:
- Coordenação Geral
- Secretaria
- Escritório de Processos
- Central de Serviços

A Coordenação Geral da Fábrica é constituída pelo Diretor da Fábrica, que exerce a direção, e pelos coordenadores do Escritório de Processos e da Central de Serviços.
A Coordenação Geral da Fábrica exerce a governança de todos os processos da Fábrica e a representa em todas as negociações com outros órgãos ou instituições.
Compete à Coordenação Geral da Fábrica cumprir e fazer cumprir o regimento, aprovar políticas, processos, catálogo de serviços e Acordos de Nível de Serviço (ANS), avaliar o desempenho e zelar pelo cumprimento de políticas, processos e ANSs, negociar junto aos patrocinadores a realização de serviços pela Fábrica, autorizar ou vetar a execução de serviços solicitados à Fábrica e definir prioridade para execução de serviços no portfólio de trabalho da Fábrica.
Também é de responsabilidade da Coordenação Geral da Fábrica de Software integrar na Fábrica atividades práticas definidas em Projeto Pedagógico de cursos do INF, alocar recursos humanos, logísticos e materiais para os trabalhos da Fábrica, divulgar informações para assegurar transparência às ações da Fábrica e Gerir receitas e aplicar recursos visando a sustentabilidade da Fábrica.
A Secretaria da Fábrica assiste a Coordenação Geral na organização e gestão dos processos executados na Fábrica. Compete à Secretaria da Fábrica organizar e manter processos e documentos relativos à administração da Fábrica, manter registro e monitorar o uso de equipamentos e ativos patrimoniais da Fábrica, organizar, manter e divulgar informações institucionais da Fábrica
A Secretaria também é responsável por controlar o acesso de colaboradores e visitantes às instalações da Fábrica, recepcionar, atender e orientar visitantes presencialmente ou pelos meios de comunicação, registrar a frequência de colaboradores e monitorar a adequação do ambiente de trabalho. Também deve redigir, encaminhar e manter registros de comunicações internas e externas da Fábrica, manter e divulgar informações sobre serviços executados ou em execução, secretariar as reuniões, redigir atas e monitorar a realização das suas deliberações e monitorar a conformidade de processos e produtos gerados pela Fábrica. As ações realizadas pela Secretaria podem ser acompanhadas aqui.
O Escritório de Processos é responsável pela gerência dos processos que orientam a execução de serviços na Fábrica.
Compete ao Escritório de Processos definir políticas e processos organizacionais da Fábrica, disseminar e zelar pelo cumprimento de políticas e processos da Fábrica, estabelecer e evoluir padrões para definição de processos da Fábrica, garantir a aplicação dos padrões na definição de todos os processos da Fábrica, gerenciar o uso e a evolução dos ativos de processo da Fábrica, medir o desempenho e divulgar a evolução dos indicadores dos processos e auditar a execução dos processos para assegurar conformidade com a sua definição.
Além disso, o Escritório de Processos também deve gerenciar problemas relacionados aos serviços da Fábrica, estabelecer e gerenciar o cronograma de processos organizacionais e otimizar os processos, mantendo seu alinhamento aos objetivos institucionais.
A Central de Serviços é responsável pela execução de serviços de software, incluindo desenvolvimento de softwares e sustentação daqueles que estão sob responsabilidade da Fábrica.
Compete à Central de Serviços definir e manter atualizado o Catálogo de Serviços da Fábrica, definir e manter atualizados os Acordos de Nível de Serviço (ANS), gerenciar as solicitações de serviço em conformidade com os ANSs definidos, gerenciar incidentes relacionados aos serviços executados na Fábrica, avaliar o impacto das solicitações de serviço sobre sistemas e serviços atuais, elaborar o plano de trabalho para cada solicitação de serviço, aprovar o plano junto à Coordenação Geral da Fábrica e ao Patrocinador do serviço e executar os serviços aprovados em conformidade com os ANSs definidos.
Também é de competência da Central de Serviços garantir transparência desde a iniciação até o encerramento da execução de cada serviço e manter a infraestrutura de informática da própria Fábrica.


